محمد اسماعیل خان در روستای نصرآباد ولسوالی شیندند هرات به دنیا آمد. سال تولد او در منابع مختلف ۱۹۴۶، ۱۹۴۷ یا ۱۳۲۷ خورشیدی نوشته شده است. او بخشی از آموزش ابتدایی خود را در مکتب واعظ کاشفی گذراند و سپس وارد مکتب نظامی شد. تحصیلات عالی نظامی‌اش را در سال ۱۳۴۹ به پایان رساند.

پس از فراغت، به فرقه هفدهم اردوی افغانستان در هرات پیوست. تجربه نظامی این دوره بعدها در سازمان‌دهی نیروهای جهادی غرب افغانستان نقش مهمی داشت. او تا زمان قیام هرات از افسران اردو بود و در منابع با رتبه جکتورن یا کاپیتان معرفی شده است.

قیام ۲۴ حوت ۱۳۵۷ یکی از بزرگ‌ترین شورش‌ها علیه حکومت حزب دموکراتیک خلق بود. اعتراض‌های مردمی در هرات به پادگان‌های نظامی رسید و بخشی از نیروهای فرقه هفدهم به قیام پیوستند. اسماعیل خان در این رویداد به یکی از چهره‌های اصلی شورش نظامیان تبدیل شد.

حکومت وقت قیام را با نیروی گسترده زمینی و هوایی سرکوب کرد. اسماعیل خان پس از شکست قیام، شهر را ترک کرد و فعالیت مسلحانه را ادامه داد. با ورود نیروهای شوروی به افغانستان در پایان سال ۱۹۷۹، او به یکی از فرماندهان برجسته جنگ در غرب کشور تبدیل شد.

اسماعیل خان در دوره جنگ با نیروهای شوروی به جمعیت اسلامی افغانستان به رهبری برهان‌الدین ربانی پیوست. او فرماندهی حوزه جنوب‌غرب را بر عهده گرفت و شبکه‌ای از فرماندهان محلی را در هرات و ولایت‌های همجوار سازمان داد.

پایگاه اجتماعی او بیشتر در غرب افغانستان شکل گرفت. ارتباط با فرماندهان محلی، شناخت جغرافیای منطقه و سابقه نظامی سبب شد که نامش در کنار فرماندهان برجسته جهادی افغانستان قرار گیرد. لقب «شیر هرات» نیز در همین دوره میان هوادارانش رواج یافت.

با فروپاشی حکومت نجیب‌الله در سال ۱۳۷۱، اسماعیل خان والی هرات و فرمانده نظامی حوزه غرب شد. هرات در دوره نخست اداره او در مقایسه با بسیاری از مناطق افغانستان امنیت و ثبات بیشتری داشت. او ساختار اداری متمرکزی ایجاد کرد و درآمدهای گمرکی مرز ایران و ترکمنستان، منابع مالی مهم اداره محلی بود.

طالبان در سال ۱۳۷۴ به سوی غرب پیشروی کرد. نیروهای اسماعیل خان نخست چند حمله طالبان را عقب زدند، اما در ادامه خطوط دفاعی او فروپاشید و هرات به دست طالبان افتاد. او پس از سقوط شهر به ایران رفت.

اسماعیل خان پس از مدتی برای سازمان‌دهی مقاومت به افغانستان بازگشت. طالبان در سال ۱۳۷۶ او را در شمال افغانستان بازداشت کرد و به زندان قندهار فرستاد. او نزدیک به سه سال در زندان طالبان ماند و در سال ۱۳۷۸ از آنجا گریخت.

پس از فرار، دوباره به نیروهای مخالف طالبان پیوست. با آغاز عملیات نظامی علیه طالبان در سال ۱۳۸۰، نیروهای زیر فرمان او وارد هرات شدند و اداره شهر دوباره در اختیارش قرار گرفت.

اسماعیل خان از سال ۱۳۸۰ تا ۱۳۸۳ والی هرات بود. طرفدارانش این دوره را با بازسازی شهر، امنیت نسبی، فعالیت‌های عمرانی و احیای اداره‌های محلی به یاد می‌آورند. درآمد گمرک اسلام‌قلعه به هرات امکان داده بود که منابع مالی بیشتری نسبت به بسیاری از ولایت‌های دیگر داشته باشد.

رابطه او با دولت مرکزی به تدریج پرتنش شد. دولت حامد کرزی می‌کوشید فرماندهی نظامی و درآمدهای محلی را زیر کنترل کابل ببرد. در سال ۱۳۸۲ فرماندهی قول اردوی هرات از اسماعیل خان گرفته شد.

در حوت ۱۳۸۲، میرویس صادق، پسر اسماعیل خان و وزیر هوانوردی ملکی، در جریان درگیری‌های هرات کشته شد. این رویداد به نبرد سنگین میان نیروهای رقیب در شهر انجامید. چند ماه بعد، در سنبله ۱۳۸۳، حامد کرزی اسماعیل خان را از مقام ولایت هرات کنار زد.

اسماعیل خان پس از کنار رفتن از ولایت هرات به کابینه حامد کرزی پیوست. او از سال ۱۳۸۴ تا ۱۳۹۲ وزارت انرژی و آب افغانستان را اداره کرد. در این دوره طرح‌های توسعه برق، مدیریت آب و برنامه‌های درازمدت انرژی از حوزه‌های کاری وزارت او بود.

او در سال ۱۳۸۸ از یک حمله انفجاری در هرات جان سالم به در برد. انفجار در مسیر حرکت کاروانش روی داد و چهار غیرنظامی کشته شدند. طالبان مسئولیت این حمله را بر عهده گرفت.

مجلس نمایندگان در سال ۱۳۹۰ با ۱۷۵ رای به او به عنوان وزیر انرژی و آب رای اعتماد داد. اسماعیل خان در سال ۱۳۹۲ برای پیوستن به دسته انتخاباتی عبدالرسول سیاف از وزارت کنار رفت.

با گسترش حملات طالبان در تابستان ۱۴۰۰، اسماعیل خان صدها نفر از هواداران و نیروهای پیشین خود را در هرات بسیج کرد. این نیروها در کنار نیروهای امنیتی دولت پیشین برای دفاع از شهر جنگیدند.

هرات در اسد ۱۴۰۰ به دست طالبان افتاد و اسماعیل خان بازداشت شد. تصاویر او در میان نیروهای طالبان به‌سرعت منتشر شد. طالبان پس از مدتی اجازه داد او به خانه‌اش برود. اسماعیل خان سپس افغانستان را ترک کرد و به ایران رفت.